ООНР занимается планированием и организацией научной работы Академии на уровне требований, предъявляемых к вузовской науке; научно-методическим обеспечением учебного процесса; поддержкой развития научно-методической работы преподавателей; организацией и совместным проведением с кафедрами и другими подразделениями Академии научных мероприятий (конференций, круглых столов, семинаров, тренингов, конкурсов, олимпиад, брейн-рингов); обеспечением участия профессорско-преподавательского состава, курсантов и студентов в научных мероприятиях (международных, межведомственных, ведомственных, межвузовских); организацией НИР курсантов и студентов.
Отдел организации научной работы, берет свое начало с образования научно-исследовательского и редакционно-издательского отдела в 1991 году в штатной организации Бишкекской высшей школы милиции Министерства внутренних дел Кыргызской Республики. Отдел возглавлял начальник, он же являлся заместителем начальника школы по научной работе. В 2017 году научно-исследовательский и редакционно-издательский отдел Академии МВД Кыргызской Республики был реорганизован в научно-исследовательский центр. В связи с оптимизацией, приказом министра внутренних дел Кыргызской Республики в августе 2022 года НИЦ был преобразован в отдел организации научной работы.
В настоящее время руководство отделом осуществляет доктор юридических наук, профессор, полковник милиции Адамбекова Айлен Доктурбековна. В ОВД Кыргызской Республики с апреля 2008 года. В 2011 году защитила докторскую диссертацию в Кыргызском национальном университете. В 2019 году Высшей аттестационной комиссией ей присвоено ученое звание «профессор». Является автором более 90 научных трудов.
Одним из направлений работы ООНР Академии МВД является установление контактов между образовательными организациями ВУЗов МВД зарубежных стран, их научными, научно-педагогическими коллективами, а также координация исполнения целевых рабочих программ по реализации протоколов о сотрудничестве в области образовательной и научной деятельности. ООНР осуществляет выпуск Научно-периодического издания «Вестник Академии МВД Кыргызской Республики им. генерал-майора милиции Алиева Э.А.», включенного Национальной аттестационной комиссией Кыргызской Республики в Перечень изданий для публикации основных научных результатов диссертаций в Кыргызской Республике. Журнал издается с 2004 года и является ежегодным сборником трудов не только преподавателей Академии МВД, ВУЗов республики, ученых Кыргызстана, но и их зарубежных коллег. Другим направлением работы является организация научно-исследовательской работы курсантов и студентов. В Академии функционируют 11 научных кружков по всем кафедрам, на заседаниях которых обсуждаются актуальные проблемы по различным направлениям деятельности ОВД, других правоохранительных структур, улучшения эффективности их работы, вопросы, касающиеся борьбы с отдельными видами преступности и многое другое. Кроме того, курсанты и студенты Академии принимают активное участие в проводимых научных конференциях, конкурсах, олимпиадах на вузовском, межвузовском, республиканском и международном уровнях, где неоднократно становились призерами и победителями с получением дипломов, грамот, сертификатов и ценных призов.