Медицинская служба является структурным подразделением Академии МВД Кыргызской Республики, осуществляющим лечебно-профилактическое, санитарно-противоэпидемическое обеспечение. В своей деятельности руководствуется законодательством Кыргызской Республики по здравоохранению, приказами, указаниями и инструкциями МВД Кыргызской Республики, приказами и указаниями начальника Академии, Положением об Академии и Положением о медицинской службе.

         Основными задачами являются:

         -организация охраны здоровья курсантов и студентов на основе профилактики заболеваний и оказания медицинской помощи;

         – Осуществление регулярного контроля  над проведением санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий в учебных, вспомогательных, жилых помещениях, на территории Академии, в столовых, буфетах. Проводит мероприятия по предупреждению, выявлению, своевременному лечению и изоляции больных с инфекционными заболеваниями среди прикрепленного контингента. Начальником медицинской службы является майор в/с Бакиев Айбек Бахтиярович.