Согласно приказу МВД Кыргызской Республики №36 от 27 февраля 2001 года «Об утверждении структуры и штата Академии МВД Кыргызской Республики имени генерал-майора милиции Алиева Э.А.» секретариат был преобразован в общий отдел. Приказом МВД Кыргызской Республики №588 от 17.06.2016 года секретариат (на правах группы) организуется вновь.

Секретариат обеспечивает порядок работы с документами, контролирует своевременность рассмотрения обращения граждан, организует прием документов.

Деятельность секретариата организуется и осуществляется в тесном взаимодействии с другими подразделениями Академии, на основе четкого разграничения должностных обязанностей работников и установления личной ответственности каждого из них за состояние дел на порученном участке.

В 1969 году первым начальником канцелярии ФССШМ МВД СССР была назначена Орлова Феоктиста Николаевна. Секретариатом Академии МВД КР возглавляли следующие руководители: Арзиева А., Кадырмамбетова Ж., Осмоналиев Н.

В своей деятельности Секретариат руководствуется Законами и иными нормативными актами Кыргызской Республики, нормативными актами МВД Кыргызской Республики, Академии и Положением о Секретариате.

Основные задачи секретариата:

• документационное обеспечение деятельности руководства и структурных подразделений Академии;
• организационно-методическое руководство несекретным и секретным делопроизводством в подразделениях Академии, и оказание им практической помощи;
• осуществление контроля над своевременностью и полнотой исполнения документов, поручений начальника Академии и его заместителей;
• осуществление контроля, за своевременностью рассмотрения предложений, электронных обращений, заявлений и жалоб граждан в Академии;
• разработка и реализация мер, направленных на совершенствование форм и методов работы с документами, обращениями граждан;

организация и методическое руководство работой по внедрению государственного языка в делопроизводство Академии.

.