Согласно приказу МВД Кыргызской Республики №36 от 27 февраля 2001 года «Об утверждении структуры и штата Академии МВД Кыргызской Республики имени генерал-майора милиции Алиева Э.А.» секретариат был преобразован в общий отдел. Приказом МВД Кыргызской Республики №588 от 17.06.2016 года секретариат (на правах группы) организуется вновь.
Секретариат обеспечивает порядок работы с документами, контролирует своевременность рассмотрения обращения граждан, организует прием документов.
Деятельность секретариата организуется и осуществляется в тесном взаимодействии с другими подразделениями Академии, на основе четкого разграничения должностных обязанностей работников и установления личной ответственности каждого из них за состояние дел на порученном участке.
В 1969 году первым начальником канцелярии ФССШМ МВД СССР была назначена Орлова Феоктиста Николаевна. Секретариатом Академии МВД КР возглавляли следующие руководители: Арзиева А., Кадырмамбетова Ж., Осмоналиев Н.
В своей деятельности Секретариат руководствуется Законами и иными нормативными актами Кыргызской Республики, нормативными актами МВД Кыргызской Республики, Академии и Положением о Секретариате.
Основные задачи секретариата:
документационное обеспечение деятельности руководства и структурных подразделений Академии;
организационно-методическое руководство несекретным и секретным делопроизводством в подразделениях Академии, и оказание им практической помощи;
осуществление контроля над своевременностью и полнотой исполнения документов, поручений начальника Академии и его заместителей;
осуществление контроля, за своевременностью рассмотрения предложений, электронных обращений, заявлений и жалоб граждан в Академии;
разработка и реализация мер, направленных на совершенствование форм и методов работы с документами, обращениями граждан;
организация и методическое руководство работой по внедрению государственного языка в делопроизводство Академии. В настоящее время в секретариате работают 3сотрудника старший инспектор по режиму секретности подколковник милиции Касымалиева Сейде Озбековна, инспектор майор милиции Уланова Зарина Сагынбековна, инспектор капитан милиции Дуйсембиева Айнура Майрамбековна.
