Медицинская служба является структурным подразделением Академии МВД Кыргызской Республики, осуществляющим лечебно-профилактическое, санитарно-противоэпидемическое обеспечение. В своей деятельности руководствуется законодательством Кыргызской Республики по здравоохранению, приказами, указаниями и инструкциями МВД Кыргызской Республики, приказами и указаниями начальника Академии, Положением об Академии и Положением о медицинской службе.

         Основными задачами являются:

         -организация охраны здоровья курсантов и студентов на основе профилактики заболеваний и оказания медицинской помощи;

         — Осуществление регулярного контроля  над проведением санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий в учебных, вспомогательных, жилых помещениях, на территории Академии, в столовых, буфетах. Проводит мероприятия по предупреждению, выявлению, своевременному лечению и изоляции больных с инфекционными заболеваниями среди прикрепленного контингента.

Начальником медицинской службы является майор в/с Бакиев Айбек Бахтиярович.

Прием ведется  врачом-терапевтом  Данияровой Д. А и врачом-стоматологом Тагаймуратовым Т. А. Функционирует процедурный  кабинет, прием ведут медицинские сестры Канатова А. Т. и Тойгонбаева К. Б..

В 1969 году медицинская служба первоначально функционировала в виде врачебного здравпункта со штатом: врача-терапевта, фельдшера, двух медсестери первого начальника подполковника милиции Ачекеева Э. После образования БВШ МВД КР в 1991 году медицинская часть была преобразована в медицинскую службу. Возглавлял её начальник медицинской службы подполковник милиции Чокоев А.Л. В это же время дополнительно были введены должности врача-стоматолога и врача-психотерапевта. С 2008 года начальником медицинской службы стал подполковник милиции Сулайманов Т.А.

С 2010 года медицинская служба является структурным подразделением медико-санитарной части МВД КР, штатной численностью 6 человек. Она укомплектована опытными специалистами: врача-терапевта Данияровой Д.А.; врача-психотерапевта Мамбетова А.Д.; 2 медсестер Тойгонбаевой К.Б., Шапетовой С.Т.; врача-стоматолога Жээнмуратова Э.И. и начальника медицинской службы полковника милиции Сулайманова Т.А.

С 2013 года возглавлял медицинскую службу c тем же составом лейтенант милиции Калмурзаев К.К. С 2015 по 2021 год руководил службой капитан милиции Бакиров А.Р.

C 2021 года начальником медицинской службы является майор в/с Бакиев Айбек Бактиярович, по специальности врач-стоматолог. В данный момент по штату 5 единиц:

— начальник медицинской службы

— врач терапевт

— врач стоматолог — 2 медсестра