ИИУБдун негизги максаты академиянын илимий ишин уюштуруу болуп саналат, бул аны пландаштырууну, координациялоону жана контролдоону камтыйт.

ИИУБ Академиянын илимий ишин жогорку окуу жайлардын илимине коюлган талаптардын деңгээлинде пландаштыруу жана уюштуруу; окуу процессин илимий-методикалык жактан камсыз кылуу; окутуучулардын илимий-методикалык иштерин өнүктүрүүгө колдоо көрсөтүү; Академиянын кафедралары жана башка бөлүмдөрү менен биргеликте илимий иш-чараларды (конференцияларды, тегерек столдорду, семинарларды, тренингдерди, конкурстарды, олимпиадаларды, брейн-рингдерди) уюштуруу жана өткөрүү; профессордук-окутуучулук курамдын, курсанттардын жана студенттердин илимий иш-чараларга (эл аралык, мекемелер аралык, ЖОЖдор аралык) катышуусун камсыз кылуу; курсанттар жана студенттер үчүн илимий изилдөөлөрдү уюштуруу иштерин алып барат.

ИИУБнын иш багыттарынын бири Кыргыз Республикасынын Улуттук аттестациялык комиссиясы тарабынан диссертациялардын негизги илимий жыйынтыктарын Кыргыз Республикасында жарыялоо үчүн басылмалардын тизмесине киргизилген милициянын генерал-майору Э.А. Алиев, атындагы «Кыргыз Республикасынын ИИМдин Академиясынын жарчысы» аттуу илимий периодикалык басылып чыгарылган журнал болуп саналат. Журнал 2004-жылдан бери чыгып келе жатат жана жыл сайын ИИМдин Академиясынын, республиканын ЖОЖдорунун окутуучуларынын, Кыргызстандын окумуштууларынын гана эмес, ошондой эле алардын чет өлкөлүк кесиптештеринин эмгектеринин да жыйнагы болуп саналат. Иштин дагы бир багыты курсанттар жана студенттердин илимий-изилдөө иштерин уюштуруу болуп саналат. Академиянын бардык кафедраларында 11 илимий ийрим бар, алардын жыйналыштарында ички иштер органдарынын ишмердүүлүгүнүн, башка укук коргоо түзүмдөрүнүн, кылмыштуулуктун айрым түрлөрүнө каршы күрөшүү жана башка көп маселелер боюнча тийиштүү болгон алардын ишинин натыйжалуулугун жогорулатуу максатында, ар кандай багыттагы актуалдуу көйгөйлөр талкууланат. Мындан сырткары, академиянын курсанттары жана студенттери университеттер аралык, ЖОЖдор аралык, республикалык жана эл аралык деңгээлде өтүп жаткан илимий конференцияларга, сынактарга, олимпиадаларга активдүү катышып, бир нече жолу дипломдор, грамоталар, сертификаттар, баалуу сыйлыктар менен байгелүү орундарга ээ болушкан.